Komitet Monitorujący działa jako niezależne ciało doradczo-opiniodawcze dla instytucji zarządzającej programem i jest przez nią powoływany. W jego skład wchodzą przedstawiciele strony rządowej, samorządowej, świata nauki oraz partnerzy społeczni i gospodarczy (w tym organizacje pozarządowe). W pracach komitetu mogą uczestniczyć również przedstawiciele innych instytucji, w tym europejskich oraz osoby zaproszone przez przewodniczącego. Przedstawiciele partnerów społecznych i gospodarczych oraz świata nauki, co ma zapewnić kontrolę społeczną nad realizacją programu. Komitet zatwierdza: metodykę i kryteria wyboru projektów, w tym wszelkie ich zmiany, końcowe sprawozdanie z wdrażania programu, plan ewaluacji programu `i jego zmiany oraz propozycje dotyczące zmian programu.